Στo πλαίσιo της λειτουργίας των Πειραματικών Σχολείων δημιουργούνται οι «Όμιλοι δημιουργικότητας και καινοτομίας» για την ανάπτυξη και αξιοποίηση των ιδιαίτερων ικανοτήτων, κλίσεων και ενδιαφερόντων των μαθητών/τριών των ΠΕΙ.Σ. όσο και άλλων δημόσιων σχολείων. Οι Όμιλοι λειτουργούν μετά το ωρολόγιο πρόγραμμα μαθημάτων και απευθύνονται στους/στις μαθητές/τριες του σχολείου όσο και σε μαθητές/τριες άλλων σχολικών μονάδων της περιοχής. Οι Όμιλοι αφορούν γνωστικούς τομείς όπως τις φυσικές επιστήμες, τα μαθηματικά, τη γλώσσα/λογοτεχνία, τις ξένες γλώσσες, την πληροφορική , τα εικαστικά, τον αθλητισμό κ.α. ώστε οι συμμετέχοντες να έχουν την ευκαιρία να ασχοληθούν δημιουργικά με θέματα τα οποία θεωρούν ενδιαφέροντα, αλλά δεν περιλαμβάνονται στο ισχύον αναλυτικό πρόγραμμα.
Η λειτουργία των Ομίλων ξεκινά στις αρχές Οκτωβρίου και ολοκληρώνεται με το πέρας του διδακτικού έτους. Το ωράριο λειτουργίας των ομίλων είναι 2 διδακτικές ώρες, μία φορά την εβδομάδα και μετά το πέρας των μαθημάτων, ενώ κάθε μαθητής/τρια μπορεί να παρακολουθεί έως 2 Ομίλους. Οι μαθητές/τριες μπορούν να δηλώσουν κατά σειρά προτεραιότητας σε ποιον Όμιλο επιθυμούν να συμμετάσχουν. Η επιλογή των μαθητών/τριών είναι δυνατόν να γίνεται με δοκιμασίες ανίχνευσης δεξιοτήτων και ενδιαφερόντων ανάμεσα στους μαθητές ή με άλλον τρόπο που ορίζουν οι υπεύθυνοι εκπαιδευτικοί (π.χ. κλήρωση).
Στο πλαίσιο των Ομίλων, κάθε μαθητής/τρια συμμετέχει υπεύθυνα και δημιουργικά σε όποιες δραστηριότητες συντελούνται στη διάρκεια του έτους με την καθοδήγηση του/της υπεύθυνου/ης καθηγητή/τριας. Σε κάθε όμιλο προβλέπεται:
- η προαιρετική συμμετοχή των μαθητών/τριών σε μαθητικούς διαγωνισμούς- τοπικούς ή πανελλήνιους- σχετικούς με το θέμα του ομίλου
- η πραγματοποίηση διδακτικών επισκέψεων εντός ή εκτός νομού
Σε περίπτωση διακοπής της δια ζώσης εκπαίδευσης οι όμιλοι θα λειτουργήσουν εξ αποστάσεως. Με την ολοκλήρωση της επιτυχούς συμμετοχής του στον Όμιλο, και εφόσον ο μαθητής/τρια δεν υπερβαίνει το όριο των επιτρεπόμενων απουσιών (8 απουσίες ετησίως), λαμβάνει πιστοποιητικό επιτυχούς παρακολούθησης.